Zbigniew Małachowski urodził się 4 stycznia 1964 roku. Karierę piłkarską zaczynał w Wełnie Rogoźno. Stamtąd trafił do Wielima Szczecinek, by jeszcze na chwilę wrócić do Rogoźna i wiosną 1986 roku zasilić wałbrzyskiego Górnika.
Początkowo Małachowskiemu ciężko było wywalczyć miejsce w wyjściowym składzie biało-niebieskich, ale od sezonu 1986/1987 stanowił on trzon zespołu. Małachowski słynął z potężnego uderzenia z dystansu. Na ekstraklasowych boiskach w barwach Górnika Zbigniew Małachowski rozegrał 80 meczów i zdobył w nich 3 gole. Zanotował z Górnikiem spadek do II ligi, ale klubu nie opuścił i jeszcze przez 2,5 sezonu bronił barw ekipy spod Chełmca na zapleczu ekstraklasy.
Później trafił do Warty Poznań, skąd przeniósł się w 1993 roku do II-ligowej wówczas Amici Wronki. Z klubem z Wronek przeżył awans do ekstraklasy i jeszcze przez kolejne 4 sezony grał w Amice w I lidze. Rozegrał tam 118 meczów ligowych i zdobył w nich 4 gole. Z klubem wywalczył dwa krajowe puchary. Na koniec kariery Małachowski w wieku 36 lat trafił do Groclinu Grodzisk Wielkopolski, ale tam zdołał rozegrać jedynie 3 mecze w najwyższej klasie rozgrywkowej. Nie zmienia to faktu, że Małachowski ma na swoim koncie 201 meczów w ekstraklasie polskiej.
